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桿菌科細(xì)菌的耐藥基因的流行情況分析

返回列表 來源:未知 發(fā)布日期:2019-12-30 10:15【

碳青霉烯類抗菌藥物一直是產(chǎn)超廣譜β內(nèi)酰胺 酶(ESBLs)或 AmpC 酶的腸桿菌科細(xì)菌治療首選藥 物,也被認(rèn)為是最后的防線 。隨著該類抗菌藥物 的 廣 泛 使 用 ,臨 床 耐 碳 青 霉 烯 類 腸 桿 菌 科 細(xì) 菌 (CRE)菌株對(duì)碳青霉烯類抗菌藥物的耐藥率逐年升 高,這在很大程度上限制了該類抗菌藥物的使用,造 成了藥物使用的困難 。


1 材料與方法 


1. 1 菌株來源

收集 2018 年 1—12 月重慶市某三 甲醫(yī)院臨床分離的非重復(fù)腸桿菌科細(xì)菌1 202株。陽 性對(duì)照菌株為 5 株重慶醫(yī)科大學(xué)附屬兒童醫(yī)院分離 的碳青霉烯酶基因陽性肺炎克雷伯菌,包括 bla KPC-2、 bla IMP-1、bla VIM-2、bla NDM-1和 bla OXA-48 5 種基因型,陰性對(duì) 照菌株為實(shí)驗(yàn)室保存的標(biāo)準(zhǔn)菌株大腸埃希菌 ATCC 25922。

1. 2 儀器與試劑

儀器:VITEK-MS 質(zhì)譜儀和 VITEK-2 Compact 全自動(dòng)微生物鑒定藥敏儀(均為法 國(guó)生物梅里埃公司生產(chǎn)),GNP29270 型恒溫培養(yǎng)箱 (上海精宏實(shí)驗(yàn)室設(shè)備有限公司生產(chǎn)),CFX96 熒光 定量 PCR 擴(kuò)增儀和 Bio-Rad ChemiDoc XRS 凝膠成 像系統(tǒng)(均為美國(guó) Bio-Rad 公司生產(chǎn)),BG-subMIDIv)可見光電泳—透射儀(北京百晶公司生產(chǎn))。試 劑:血瓊脂平皿購(gòu)于英國(guó) OXOID 公司,VITEK-MS CHCA基質(zhì)液購(gòu)于法國(guó)生物梅里埃公司,Premix Taq? 酶和 DNA Marker 均購(gòu)于大連寶生生物公司,5 種基 因的引物由重慶擎科興業(yè)生物技術(shù)有限公司合成。

1. 3 CRE 菌株鑒定及藥敏試驗(yàn)

將 61 株 CRE 菌株 均經(jīng) VITEK-MS 質(zhì)譜儀鑒定到種,再通過 VITEK-2 Compact 進(jìn)行藥敏試驗(yàn),并用最小抑菌濃度(MIC)法 測(cè)定其對(duì) 14 種常用抗菌藥物的敏感性,參照 2018 版 CLSI-M100 標(biāo)準(zhǔn)判讀結(jié)果,本研究將對(duì)亞胺培南耐 藥的腸桿菌科細(xì)菌定義為 CRE,并對(duì)各種抗菌藥物 耐藥率進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。

1. 4 檢測(cè) CRE 菌株的碳青霉烯酶基因

(1)模板 制備:CRE 菌株 DNA 采用煮沸法提取,放-20 ℃冰箱 保存?zhèn)溆谩#?)碳青霉烯酶基因的 PCR 檢測(cè):以 CRE 菌 株 DNA 為 模 板 分 別 對(duì) bla KPC-2、bla IMP-1、bla VIM-2、 bla NDM-1 和 bla OXA-48 5 種基因型進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增,反應(yīng) 條件參照進(jìn)行。PCR 反應(yīng)體系 為 25 μL,包括 12. 5 μL Taq PCR Master Mix,2 μL 上 下游引物,1 μL DNA 模板,9. 5 μL ddH2O。PCR 反應(yīng) 條件為先 94 ℃預(yù)變 5 min,再 94 ℃變性 30 s,55 ℃退 火 30 s,72 ℃延伸 30 s 或者 60 s(具體根據(jù)產(chǎn)物長(zhǎng)度 而定);變性、退火、延伸 30 個(gè)循環(huán);最后 72 ℃繼續(xù)延 伸 7 min。將 PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物置于 2. 0%瓊脂糖凝膠電 泳25 min,然后再通過凝膠成像儀觀察結(jié)果。(3)碳 青霉烯酶基因測(cè)序:將 PCR 擴(kuò)增陽性的產(chǎn)物送深 圳華大生物技術(shù)有限公司進(jìn)行測(cè)序,將測(cè)序所得 的序列與 GenBank 核酸數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行 BLAST 序列比 對(duì),將相似度最高的基因型作為待測(cè)細(xì)菌的基因 類型。

1. 5 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

采用 WHONET 5. 6 軟件進(jìn)行統(tǒng) 計(jì)分析。

2 結(jié) 果

2. 1 CRE 菌株鑒定及藥敏試驗(yàn)結(jié)果

采用 WHONET 5. 6 軟件對(duì)藥敏資料進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,分離得到61 株 CRE 菌株,其中肺炎克雷伯菌 51 株(83. 6%)、 陰溝腸桿菌 6 株(9. 8%)、大腸埃希菌 4 株(6. 6%), 61 株 CRE 菌株的科室及種類分布;同時(shí),藥 敏結(jié)果顯示,61 株 CRE 菌株對(duì) 14 種抗生素的耐藥率 分別為亞胺培南(100. 0%),氨芐西林/舒巴坦(100. 0%), 頭孢曲松(100. 0%),頭孢他啶(100. 0%),頭孢替坦 (91. 5%),頭孢吡肟(93. 9%),哌拉西林/他唑巴坦 (91. 5%),氨曲南(95. 5%),復(fù)方新諾明(81. 3%),慶 大霉素(81. 3%),妥布霉素(73. 2%),環(huán)丙沙星(79. 3%), 左旋氧氟沙星(58. 5%),阿米卡星(57. 7%),61 株 CRE 菌株對(duì)臨床常用抗生素呈高度耐藥,除了對(duì)左旋氧 氟沙星和阿米卡星的耐藥率低于 60.0%,對(duì)大部分抗 生素的耐藥率都大于80.0%。


2. 2 碳青霉烯酶基因檢測(cè)結(jié)果

61 株 CRE 菌株中 共檢測(cè)出 bla KPC-2 基因型 50 株,bla NDM-1 基因型 9 株, bla OXA-48基因型4株,未檢測(cè)出bla IMP-1基因型和bla VIM-2 基因型。


3 討 論

腸桿菌科細(xì)菌作為社區(qū)和院內(nèi)感染的重要病原 菌,可引起呼吸道、尿路以及菌血癥等各種部位的感 染。碳青霉烯類抗菌藥物對(duì)大多數(shù)產(chǎn)超廣譜β內(nèi)酰 胺酶和質(zhì)粒介導(dǎo)的 AmpC 酶具有較高的穩(wěn)定性,是 目前治療革蘭陰性菌抗菌譜最廣、抗菌活性最強(qiáng)的 一類抗菌藥物。但是隨著該類藥物大量使用甚至過 度治療,臨床耐藥現(xiàn)象已在腸桿菌科細(xì)菌中開始出 現(xiàn),并呈逐年增加趨勢(shì),且耐藥范圍已從歐洲、北美 等地區(qū)擴(kuò)大到中國(guó),菌種也擴(kuò)展至多種不同種屬的 腸桿菌科細(xì)菌 。2018 年全院共 分離出 61 株 CRE 菌株,其中耐碳青霉烯類肺炎克雷 伯菌 51 株,占 83.6%,說明該院主要感染 CRE 菌株呈 優(yōu)勢(shì)性病原菌感染流行趨勢(shì),這與 CHINET 中國(guó)細(xì) 菌耐藥監(jiān)測(cè)網(wǎng)統(tǒng)計(jì)結(jié)果基本一致。該情況仍值得 臨床密切關(guān)注并采取有效的控制措施,避免重復(fù)給 藥、超適應(yīng)證給藥等錯(cuò)誤行為的發(fā)生。




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